wp_nav_menu()を使って、管理画面で設定した必要なメニューだけナビに呼び出す方法です。

引数の$menuを使います。

例えば、下記のコードをテーマに記載します。

<?php wp_nav_menu( array('menu' => 'main_navi' ) ); ?>

【管理画面】→【外観】→【メニュー】のページで、【メニューの名前】をmain_naviを下記に記入します。