WordPress3.1がリリースされ、早速アップグレードしたのですが、
カテゴリーリンクが、全てindex.phpを見に行ってしまいました。。

色々調べて、をかもとさんから、Debug Barのプラグインを紹介されて、早速インストールしたのですが、特にエラーもなく・・。

正常に動くarchive.phpをcategory.phpにリネームして、
動作確認したのですが、やはりカテゴリーリンクはindex.phpを見に行ってしまう。

キャッシュ系プラグインを一旦切る。

全部のプラグインを一旦切る。
→でもキャッシュは切らずに全部切ってしまった・・・。

色々試したのですが、良く分からず、
リダイレクト関係がおかしいのかな～と悩み、
.htaccessもおでこのサイトと見比べて、マルチサイト用の記述も消したりしたのですが、変わらず。

そして、今日になって、め組のwebnistさんからSkypeがあり、
『Simple Tags って入ってますか？』『バージョンは1.8ですか？』と聞かれて、
即効サイトのプラグイン管理画面を見に行き、あっ、1.8だ・・・『まさしく1.8です＞＜』そんなやりとりを行いました。

こんな感じでやり取りをし、
Simple Tagを停止して、全てのキャッシュ系プラグインのキャッシュを消して、
サイトを確認した所・・・
正常にcategory.phpを見に行きました。

Simpe Tagのフォーラムに同じ問題が上がっていました。。

おでこも、WordPress3.1にして、プラグインの自動アップグレードが、
それまでは問題なかったのが、グルグルして完了しないというケースが出たり・・・と、
ちょっと色々問題がありそうなので、WordPress3.1にアップグレードする時は気を付けてください。

感謝

この原因を突き止めてくれたwebnistさんに大感謝です。
どうもありがとうございました！